Был основан в 1961 году как горняцкий посёлок при Урупском горно-обогатительном комбинате. Встречаются утверждения, что некоторое время посёлок мог называться Медноурупским или, по крайней мере, ему предлагалось дать наименование Медно-Урупск. Решением областного исполкома Карачаево-Черкесской АО № 595 от 15 ноября 1965 года и решением краевого исполкома Ставропольского края № 1024-23 от 22 ноября 1965 года вновь возникшему населённому пункту присвоено название Медногорский, он был включён в состав Урупского поселкового совета. Статус посёлка городского типа — с 1981 года. Решением Ставропольского крайисполкома от 28 октября 1981 года № 769 посёлок Медногорский был отнесён к категории рабочих посёлков, а решением исполкома КЧАО от 18 ноября 1981 года № 600 Медногорский был выделен из состава Урупского поселкового совета, был образован отдельный Медногорский поселковый совет. В соответствии с законом Карачаево-Черкесской Республики от 07.12.2004 № 42-РЗ (статья 2) образовано Медногорское городское поселение.